Volledige naam: Agent van Algemene Politie en Binnenlandse correspondentie, belast met het beheer van dijken, wegen en wateren. Bij besluit van 27 mrt 1798 nr. 39 werd het beheer van dijken, wegen en wateren geattacheerd aan de Agent van Inw. Politie en Binnenl. Corresp. Aangaande de benoeming van die ambtenaar zie aantekeningen Invent. Arch. Binnenl. Zaken. Aangaande de verdeling van het bureau van de Waterstaat in de departementen, de aanstelling van de onder de Agent van Politie met de administratie en uitvoering belaste ambtenaren en deskundigen zie men het Plan ter behering van de Waterstaat der Bataafse Republiek, dat door de Agent, bij zijn missive van 23 mei 1798 werd ingezonden en door het Uitvoerend Bewind bij resolutie van 24 mei 1798 nr 38 werd gearresteerd.
De Agent gaf de administratie voor de Waterstaat aangelegenheden een afzonderlijk karakter, door de notulen en ook de uitgaande brieven in duplo te vervaardigen, terwijl de ingekomen stukken afzonderlijk werden gehouden. Terwijl nu bij het Departement van Waterstaat altijd zijn blijven berusten deze ingekomen stukken, zijn die notulen en uitgegane brieven daarvan afgedwaald en het Rijk heeft deze verzameling in 1886 moeten terugkopen van de boekhandelaar Martinus Nijhoff, nadat er door de regering gerechtelijk beslag op was gelegd (zie Jaarverslag 1886). Ook met de hierachter tussengevoegde archivalia van het in 1798 opgerichte Bureau van Dijken, Wegen en Wateren (Aanwinst 1886) is dit het geval geweest. Ondanks de opmerking in het verslag over 1886: "De Afdeeling Waterstaat van het Archief van het Agentschap van Politie wordt hierdoor zeer gecompleteerd" is samenvoeging dezer aanwinst met het Departementsarchief in één inventaris pas in 1940 gevolgd.
Bij besluit van het Uitvoerend Bewind van 27 mrt 1798 no. 39 werd, na de liberatie over de verdeling der onderscheiden Agentschappen, bij het ontwerp der Staatsregeling vastgesteld, bepaald: Van nu af aan de behering van dijken, wegen en waterwerken te attacheren aan het Agentschap van Algemene Politie en Binnenlandse Correspondentie. Reeds op 11 apr 1798 werd op voorstel van de Agent van Politie aangesteld tot President ter behering der zeewerken, zeedijken en waterwerken, C. Brunings. Tot Chef van het bureau der zeeweringen, zeedijken en waterstaat C.R.F. Kraijenhoff en tot commies bij dit bureau P. Lorentz.
Bij missive van de Agent van Inwendige Politie van 23 mei werd aan het Uitvoerend Bewind aangeboden een "plan tot beheering van den Waterstaat der Bataafsche Republiek" welk plan bij besluit van 24 mei 1798 nr. 38 werd geapprobeerd. Omtrent het Bureau van de Waterstaat werd in dit plan bepaald:
1e. In de eerste plaats dient benoemd te worden een president van het bureau van de algemene waterstaat, van welke men veronderstellen mag, dat hij de nodige kundigheden bezit, om in alle zaken bij het bureau voorkomende, te pre-adviseren, en te dien einde bekwaam te zijn, om alle gesuppediteerde rapporten, projecten, tekeningen, bestekken en petitien te examineren.
2e. Behoorden benoemd te worden een chef de bureau "dewelke verpligt is om in den Haag te wonen, opdat door hem den Agent ten allen tijde omtrent de verrigtingen aan het Algemeen Bureau en wederkeerig het Bureau wegens de intentien en resolutiën van den Agent zou kunnen geïnformeerd worden", ook moet deze Chef bij absentie van de president of indispositie de functiën van de laatstgemelden waarnemen.
Aangezien de zorg voor de Waterstaat beschouwd werd als direct verbonden met de middelen van defensie, diende de Chef van het Bureau ervaren te zijn in het vak der genie en het fortificeren door middel van waterlinies. Om die reden werd luit.kolonel Kraijenhoff tot chef van het bureau benoemd. Daar echter het Uitvoerend Bewind zijn verzoek, om zijn rang bij het korps der genie te blijven behouden, van de hand wees, verzocht en verkreeg hij bij besluit van 26 mei 1798 no. 10a zijn ontslag als zodanig. Hoewel bij dit besluit aan de Agent van Politie werd opgedragen, zo spoedig mogelijk de voordracht van een ander bekwaam persoon als Chef de Bureau te doen, bleef dit ambt gedurende geruime tijd onvervuld. Het blijkt evenwel, dat tijdens het interim die betrekking werd waargenomen door de commies P. Lorentz.
Eerst na het vaststellen van de definitieve instructie voor de Agent van Toezigt op de Staat van de Waterstaat en Waterwerken, bij decreet van 2e Kamer van het Vertegenwoordigend Lichaam van 31 okt 1799, werd bij besluit van het Uitvoerend Bewind van 28 jun 1800 nr. 29 P. Lorentz tot Chef van het Bureau van de Waterstaat benoemd, in welke betrekking hij tot aan de opheffing van het Agentschap op 31 aug 1802 werkzaam bleef.
Bij besluit van het Staatsbewind van 9 aug 1802 nr. 68 werd het Agentschap van Politie en toezicht op de Staat van dijken, wegen en wateren op de 31 augustus opgeheven en beslist, dat de werkzaamheden voor zover die de Waterstaat betroffen, provisioneel zouden worden opgedragen aan de Raad van Binnenlandse Zaken, met provisionele continuatie van de geemployeerden bij het bureau van de Waterstaat, alsmede van de Commissarissen Inspecteurs, dat dat laatstgenoemden insgelijks zullen respecteren de bevelen der departementale besturen, voor zover betreft de werken waarvan het beheer of toezicht aan hen mocht worden opgedragen
Bij besluit van het Staatsbewind van 3 okt 1803 nr. 4220 werd de Raad van Binnenlandsche Zaken van de administratie of beheer van de Waterstaat ontslagen
Evenals bij de Agent van Politie zijn ook tijdens het beheer van de Waterstaat door de Raad van Binnenlandse Zaken alléén de ingekomen stukken afzonderlijk gehouden. De besluiten en uitgaande brieven worden gevonden bij de andere notulen en uitgaande brieven van de Raad en komen in de gewone Index van de Raad voor. (Zie Inventaris Binnenlandse Zaken nr. 407 ev.).
Het Staatsbewind besloot 14 mrt 1803 nr. 58 om de departementale besturen van Holland, Utrecht, Gelderland en Overijssel aan te schrijven om een of meer leden uit hun midden, uit het Gedeputeerd Bestuur of uit financiele commissien of andere geschikte personen te committeren om met een daartoe te benoemen lid uit de Raad van Binnenlandse Zaken en onder presidium van een der leden van het Staatsbewind uit te maken een Commissie van Superintendentie der rivieren en om het Staatsbewind te dienen van consideratiën en advies zo omtrent de kapitale gebreken en de middelen tot verbetering in het algemeen als over bijzondere in dat vak voorkomende zaken, mitsgaders over de wijze en de voet van directie en executie. Deze commissie zou haar vergaderingen houden in Den Haag en ontving een instructie die voorkomt in de notulen van het Staatsbewind van 2 sep 1803 nr. 31. Zij werd ontbonden bij Staatsbesluit van 1 mei 1805 nr. 5. Bij besluit van 14 apr 1803 nr. 45 werd tot President benoemd Samuel van Hoogstraten en bij besluit van 9 mei tot leden: Van Swinden, van Horbach en Twent (Holland), Oraeijvanger en van Lijnden tot Lunenburg (Utrecht), E.A.Daendels, O. de Vivieu en A.C.W. Staring (Gelderland) en Joan Bannier (Gelderland).
Hierbij de voordracht aan het departementaal bestuur van Gelderland over de bovenrivieren door W. Beijerinck en W. van Ommeren, 3 mei 1803 en het concept-vertoog dienende ter onderzoek of er op de bovenrivieren andere dan de thans plaats hebbende inrichtingen zullen nodig zijn, zo ja, welke inrichtingen er dan zouden behoren gemaakt te worden.
Het Staatsbewind besloot 14 mrt 1803 nr. 58 om de depart. besturen van Holland, Zeeland, Friesland en Groningen aan te schrijven en te verzoeken om een of twee leden hetzij uit hun midden, hetzij uit het gedeputeerde bestuur, financiële commissies of andere bekwame personen te benoemen en te committeren om met en benevens een daartoe te committeren lid uit de Raad van Marine en onder presidium van een der leden van het Staatsbewind uit te maken een Commissie van Superintendentie over het werk der zeehavens en zeegaten en om het Staatsbewind te dienen van consideratin en advies over de in dat vak voorkomende zaken en de voet en wijze van directie en executie. Tot president dezer commissie, welke vergaderen zou in Den Haag, werd bij besluit van 14 apr 1803 nr. 46 benoemd mr Aug. Gerard Besier en de op 9 mei 1803 nr. 54 tot leden: mr Aenae (Raad der Marine), mr H.A. van Bleiswijk, mr H. van Stralen (Holland), Jan Stavoornis, G. Verdoorn (Zeeland), Mathijs IJpeij (Friesland), J. Jarges (Groningen). Als secretaris fungeerde de griffier van het Staatsbewind Dassevael. De instructie van deze commissie werd gearresteerd bij besluit van het Staatsbewind van 2 sep 1803 nr. 31.
De net-notulen lopen door tot 2 mei 1805. Deze betreffen de ontbinding van de commissie door de president, ingevolge staatsbesluit van 1 mei 1805 nr. 5.
Hierbij: Bestekken van bestede werken bij zeehavens en zeegaten, 21 apr 1804 - 20 apr 1805 en nota's voor materiaal voor zeeweringen in Noord-Holland, 1813.
Het Staatsbesluit van 1 mei 1805 nr. 5 bepaalde dat de nieuwe directie en behering van de Waterstaat en dus over de rivieren en zeegaten zou worden gecombineerd en opgedragen aan de Secretaris van Staat voor de Binnenlandse Zaken. Aan hem zouden worden toegevoegd 4 regeringsleden of andere in Den Haag wonende personen. Als zodanig werden bij hetzelfde besluit benoemd A.P. Twent van Raephorst, J. van der Sleijden, J.H. Appelius en W.F. Roëll. De commissie zou als minister worden geassisteerd door de secretaris bij het departement van Binnenlandse Zaken. De wijze der werkzaamheden werd provisioneel vastgesteld overeenkomstig het besluit van het voormalig Staatsbewind van 2 sep 1803 nr. 31 tot dat bij staatsbesluit van 21 jun 1805 nr. 38 voor de werkzaamheden een reglement werd vastgesteld. De commissie werd ontbonden bij koninklijk decreet van 20 jan 1807 nr. 10.
Blijkens verbaal van 1 juli 1805 nr. 11 en 12 werd door de secretaris een register van uitgaande brieven aangehouden. Dit werd niet aangetroffen.
Bij Kon. Besluit van 20 jan 1807 nr. 10 werden tot de Algemene Administratie van de Waterstaat benoemd tot Directeur-Generaal mr A.P. Twent van Raephorst, tot administrateurs J. van den Houte, D.C. Gevers van Endegeest, F.W.F.J. van Pallandt tot Barlham, O. Repelaar, M. Ypeij, tot Secrecaris-Generaal E. van Vredenburch, tot Inspecteur-Generaal F.W. Conrad en tot diens plaatsvervanger de generaal-majoor Van der Plaat. Deze commissie moest in functie treden op 1 feb 1807 en verving per die datum de Commissie van Superintendentie over de Waterstaat der Bataafse Republiek. Op het rapport ener commissie daartoe bij besluit van 20 nov 1806 nr. 13 benoemd, werd bij decreet van Z.M. van 20 jan 1807 nr. 11 een generaal reglement op de administratie van Waterstaat gearresteerd
Voor de secrete notulen: zie de secrete notulen van de Minister van Waterstaat, inv.nr 245.
Ook in het archief van de Directeur-Generaal ontbreken registers van uitgaande brieven. Melding van hun bestaan o.a. in de notulen van 5 mrt 1807 nr. 46.
De verdeling van de Secretarie van de Waterstaat in divisies en bureaus kwam in de loop van 1808 tot stand. De verbalen en relativen van de divisies en bureaus zijn in dezelfde portefeuilles ondergebracht.
Het Kon. Decreet van 28 dec 1808 nr. 2 bepaalde in art. 1, dat met ingang van 1 jan 1809 de generale administratie van de Waterstaat zal worden verenigd met het Ministerie van Binnenlandse Zaken en van dat Ministerie uit zal maken de 1 divisie en in art. 2 dat de Directeur van de Waterstaat (Twent) benoemd is tot minister van Binnenlandse Zaken. Bij de nadere organisatie vastgelegd bij Kon. Decreet van 21 jan 1809 nr. 1 werd o.m. bepaald, dat Waterstaat zou zijn de 2e divisie van het Ministerie van Binnenlandse Zaken
Voor de secrete notulen: zie de secrete notulen van de Minister van Waterstaat, inv.nr 245. Voor de indices: zie de indices van de Minister van Waterstaat, inv.nr 246-253.
Het Kon. Decreet van 22 mei 1809 nr. 6 bepaalde in art. 1 dat de Minister van Binnenlandse Zaken, de heer Twent van Raephorst zich van af de 1e van de Zomermaand 1809 uitsluitend bezig zal houden met dat gedeelte van zijn ministerie, hetwelk tot de Waterstaat betrekkelijk is, onder de titel van Minister van de Waterstaat. Volgens het Kon. Decreet van 27 mei 1809 nr. 1 werd hij als minister van Binnenlandse Zaken vervangen door de Staatsraad Baron van der Capellen, die ook met de portefeuille van Eredienst belast werd, overeenkomstig het genoemde decreet van 22 mei.